Журнальный клуб МЛ геномики

Дорогие коллеги!

Приглашаем Ваc на доклад Андрея Колчина, стажера-исследователя Международной лаборатории статистической и вычислительной геномики, который расскажет о работе "GHOST: Recovering Historical Signal from Heterotachously Evolved Sequence Alignments" (https://academic.oup.com/sysbio/article-abstract/69/2/249/5541793?redirectedFrom=fulltext).

Аннотация:
Известно, что данные о молекулярных последовательностях, которые эволюционировали под влиянием гетеротачных эволюционных процессов, вводят в заблуждение при филогенетическом анализе. Мы представляем модель эволюции последовательностей General Heterogeneous evolution On a Single Topology (GHOST), реализованную в рамках максимального правдоподобия в филогенетической программе IQ-TREE (http://www.iqtree.org). Моделирование показывает, что с помощью модели GHOST программа IQ-TREE может точно восстановить топологию дерева, длину ветвей и параметры модели замещения из гетеротахически эволюционировавших последовательностей. Мы исследуем эффективность модели GHOST на эмпирических данных, отбирая филогенетические выравнивания различной длины из выравнивания пластома. Затем мы проводим вывод по модели GHOST на наборе филогенетических данных, состоящем из 248 генов из 16 таксонов, где мы обнаруживаем, что модель GHOST согласуется с общепринятой точкой зрения, помещая черепах в качестве сестринской линии архозавров, в отличие от результатов, полученных с использованием традиционных моделей с переменными скоростями по сайтам. Наконец, мы применяем модель к набору данных, состоящему из гена натриевого канала 11 таксонов рыб, и обнаруживаем, что модель GHOST способна прояснить тонкий компонент исторического сигнала, связанный с ранее установленной конвергентной эволюцией электрического органа в двух географически отдельных линиях электрических рыб. Мы сравниваем выводы, полученные с помощью модели GHOST, с разбиением по положению кодонов и показываем, что благодаря минимизации ограничений модели GHOST предлагает уникальные биологические выводы при применении к эмпирическим данным.

Адрес: Покровский б-р, 11, G423

Ссылка для подключения онлайн:
https://telemost.yandex.ru/j/82894409816524