Семинары
25 октября 2024 г.
Journal Club. Обзор статьи "Fast and Robust Identity-by-Descent Inference with the Templated Positional Burrows–Wheeler Transform" (https://academic.oup.com/mbe/article/38/5/2131/6045959) представил Вадим Спирин, стажер-исследователь Международной лаборатории статистической и вычислительной геномики НИУ ВШЭ.
11 октября 2024 г.
Journal Club. Обзор статьи "The Promise of Inferring the Past Using the Ancestral Recombination Graph" (https://academic.oup.com/gbe/article/16/2/evae005/7577593) представил Игорь Мирный, стажер-исследователь Международной лаборатории статистической и вычислительной геномики НИУ ВШЭ.
4 октября 2024 г.
Journal Club. Обзор работ по теме "Поиск мутаций в геноме возбудителя туберкулеза, определяющих устойчивость к лекарственным препаратам, с помощью нейросетевых языковых моделей" представила Наталья Дьячкова, стажер-исследователь Международной лаборатории статистической и вычислительной геномики НИУ ВШЭ.
27 сентября 2024 г.
Семинар. О своей работе "Стабильность эпидемиологической модели SEIR с двумя центрами и миграциями" рассказал Михаил Шишкин, младший научный сотрудник Международной лаборатории статистической и вычислительной геномики НИУ ВШЭ.
04 июля 2024 г.
Доклад руководителя группы регуляторной транскриптомики и эпигеномики Федерального исследовательского центра «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН, к.б.н. Юлии Медведевой "Репертуар иммунных клеток у взрослых: роль этнических, генетических и иммунных факторов в норме и при сахарном диабете 2 типа (СД2)"
03 июля 2024 г.
Доклад ведущего научного сотрудника Института когнитивных нейронаук НИУ ВШЭ Алексея Заикина "Analysis of Medical Data with Synolitic Networks"
05 июня 2024
Journal Club. Обзор статей "Phylogenetic inference of changes in amino acid propensities with single-position resolution" (https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1009878) и Changing selection on amino acid substitutions in Gag protein between major HIV-1 subtypes (https://academic.oup.com/ve/article/10/1/veae036/7665190) представила Галина Клинк старший научный сотрудник Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
22 мая 2024 г.
Journal Club. Обзор статьи "The spatiotemporal patterns of major human admixture events during the European Holocene" (https://elifesciences.org/articles/77625) представил Михаил Шишкин стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
20 марта 2024 г.
Доклад заместителя декана Факультета математики, заведующего Научно-учебной лабораторией сложных сетей, гиперграфов и их приложений НИУ ВШЭ профессора Василия Горбунова "Quantifying Genetic Innovation: Mathematical Foundations for the Topological Study of Reticulate Evolution" (https://epubs.siam.org/doi/10.1137/18M118150X)
06 марта 2024 г.
Journal Club. Обзор статей "Inference of Ancestral Recombination Graphs through Topological Data Analysis"(https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1005071) и "Topological Data Analysis Generates High-Resolution, Genome-wide Maps of Human Recombination"(https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2405471216301831) представила Анна Ильина научный сотрудник Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
28 февраля 2024 г.
Journal Club. Обзор работ по теме "Ancestry inference: modern approaches" представил Дмитрий Глызин научный сотрудник Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
21 февраля 2024 г.
Доклад стажера-исследователя Лаборатории геномики НИУ ВШЭ Алексея Шмелева
14 февраля 2024 г.
Journal Club. Обзор статьи "Elevated genetic risk for multiple sclerosis emerged in steppe pastoralist populations" (https://www.nature.com/articles/s41586-023-06618-z) представил Вадим Спирин стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
31 января 2024 г.
Journal Club. Обзор статьи "Determinants of epidemic size and the impacts of lulls in seasonal influenza virus circulation" (https://www.nature.com/articles/s41467-023-44668-z) представила Галина Власенко стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
21 ноября 2023 г.
Доклад сотрудника НИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора Анфисы Поповой "Следы меняющегося отбора на однонуклеотидном ландшафте приспособленности"
10 ноября 2023 г.
Доклад м.н.с. Центра молекулярной и клеточной биологии Сколтеха, к.б.н. Ольги Вахрушевой "Зависимость частоты эктопической генной конверсии от взаимного расположения паралогов в пространственной структуре хроматина"
31 октября 2023 г.
Доклад доцента кафедры генетики биологического факультета МГУ, к.б.н. Андрея Синюшина
19 мая 2023 г.
Journal Club. Обзор статьи Zhu C, Ming MJ, Cole JM, Edge MD, Kirkpatrick M, Harpak A. "Amplification is the primary mode of gene-by-sex interaction in complex human trait" (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37228747/) представил Евгений Хомутов стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
21 апреля 2023 г.
Journal Club. Обзор статьи Sengupta, D., Choudhury, A., Fortes-Lima, C. et al. "Genetic substructure and complex demographic history of South African Bantu speakers" (https://www.nature.com/articles/s41467-021-22207-y) представила Ольга Пьяных студентка ДПМ МИЭМ НИУ ВШЭ
Обзор статьи Carina M Schlebusch et al. "Khoe-San Genomes Reveal Unique Variation and Confirm the Deepest Population Divergence in Homo sapiens" (https://academic.oup.com/mbe/article/37/10/2944/5874945) представил Артем Ляхов студент ДПМ МИЭМ НИУ ВШЭ
Обзор статьи Carina M Schlebusch et al. "Southern African ancient genomes estimate modern human divergence to 350,000 to 260,000 years ago" (https://www.science.org/doi/full/10.1126/science.aao6266) представила Анастасия Брагинец студентка ДПМ МИЭМ НИУ ВШЭ
07 апреля 2023 г.
Journal Club. Обзор статьи Schraiber JG "A path integral formulation of the Wright-Fisher process with genic selection" (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3932315/) представила Анастасия Дудковская стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
24 марта 2023 г.
Journal Club. Обзор статьи Samuel G. G. Johnston, Andreas E. Kyprianou, Tim Rogers "Multitype Λ-coalescents" (https://arxiv.org/abs/2103.14638) представил Никита Гаянов стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
17 марта 2023 г.
Journal Club. Обзор статьи Trinquier, J., Uguzzoni, G., Pagnani, A. et al. "Efficient generative modeling of protein sequences using simple autoregressive models" (https://www.nature.com/articles/s41467-021-25756-4) представил Максим Гусев стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
10 марта 2023 г.
Journal Club. Обзор статьи Alexander DH, Novembre J, Lange K. "Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals" (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2752134/) представил Михаил Шишкин стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
03 февраля 2022 г.
Семинар Лаборатории геномики.
Докладчик Варлашин Павел Дмитриевич программист-биоинформатик ЦНИИ Эпидемиологии
"Филогеографическом анализе подтипа IA Hepatovirus A в Евразии"
14 декабря 2022 г.
Совместный семинар "Вычислительных сред" и Лаборатории геномики.
Докладчик Алексей Неверовнаучный сотрудник Лаборатории геномики "Применение вероятностных моделей максимальной энтропии для поиска парных взаимодействий в биологических данных"
07 декабря 2022 г.
Journal Club.Обзор статьи L. Luca Cavalli-Sforza "Genes, peoples, and languages" (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC33682/) представил Иван Геворков стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
23 ноября 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Aritra Bose, Daniel E Platt, Laxmi Parida, Petros Drineas, Peristera Paschou "Integrating Linguistics, Social Structure, and Geography to Model Genetic Diversity within India" (https://academic.oup.com/mbe/article/38/5/1809/6108106) представил Евгений Хомутов стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
09 ноября 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи "Bayesian inference of admixture graphs on Native American and Arctic populations" (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.06.506725v1.full.pdf) представила Анастасия Дудковская стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
02 ноября 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Megan K. Olivia S. Ali Akbari, Arbel Harpak, David Reich, Vagheesh M. Narasimhan "The origins and spread of domestic horses from the Western Eurasian steppes" (https://www.nature.com/articles/s41586-021-04018-9) представила Гаяне Власенко, НИУ ВШЭ
12 октября 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Megan K. Olivia S. Ali Akbari, Arbel Harpak, David Reich, Vagheesh M. Narasimhan "The genetic history of the Southern Arc: A bridge between West Asia and Europe" (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm4247) представил Михаил Шишкин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
28 сентября 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Megan K. Olivia S. Ali Akbari, Arbel Harpak, David Reich, Vagheesh M. Narasimhan "1,000 ancient genomes uncover 10,000 years of natural selection in Europe " (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.08.24.505188v1) представил Вадим Спирин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
21 сентября 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Mohamad Chhaytle, Régis Ouvrard, Thierry Poinot "Тew population dynamics model to evaluate the climate impacts on wildlife populations" (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2405896322010606) представил Никита Гаянов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
13 мая 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Witt Kelsey E., Villanea Fernando, Loughran Elle, Zhang Xinjun and Huerta-Sanchez Emilia "Apportioning archaic variants among modern populations" ( https://royalsocietypublishing.org/doi/full/10.1098/rstb.2020.0411) представил Лео Бенуа Планш, научный сотрудник Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
29 апреля 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Wang Z, Wang J, Kourakos M, et al. "Automatic inference of demographic parameters using generative adversarial networks " (https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1755-0998.13386) представил Игорь Богданов
22 марта 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Xuming Zhou, Qianhui Dou, Guangyi Fan, et al. "Beaver and Naked Mole Rat Genomes Reveal Common Paths to Longevity" (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112472030930X) представила Галина Власенко
25 февраля 2022 г.
Journal Club.Обзор статьи Zhang, F., Ning, C., Scott, A. et al. "The genomic origins of the Bronze Age Tarim Basin mummies"
( https://www.nature.com/articles/s41586-021-04052-7) представил Вадим Спирин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
18 февраля 2022 г.
Journal Club. Обсуждение прототипа платформы для разработки методов глубинного обучения из полногеномных последовательностей Евгений Хомутов и Кененбек Арзыматов.
Обзор статьи Monroe, J.G., Srikant, T., Carbonell-Bejerano, P. et al. "Mutation bias reflects natural selection in Arabidopsis thaliana"
( https://www.nature.com/articles/s41586-021-04269-6) представил Ахмед Арбулиев, студент 3 курса бакалавриата по специальности "Инфокоммуникационные технологии и системы связи"
04 февраля 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Ethan M. Jewett "Fast and accurate approximation of the joint site frequency spectrum of multiple populations"
представил Никита Гаянов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
06 декабря 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Mélodie Monod, Alexandra Blenkinsop, Xiaoyue Xi, Daniel Hebert, et al. "Age groups that sustain resurging COVID-19 epidemics in the United States" () представила Таисия Хахарова
Обзор статьи Rui Martiniano,Erik Garrison, Eppie R. Jones, Andrea Manica, Richard Durbin "Removing reference bias in ancient DNA data analysis by mapping to a sequence variation graph" (https://www.biorxiv.org/cont ) представил Артем Башарин
06 декабря 2021 г.
Journal Club.Обзор статьи Kim KS, Ejima K, Iwanami S, Fujita Y, Ohashi H, et al. "A quantitative model used to compare within-host SARS-CoV-2, MERS-CoV, and SARS-CoV dynamics provides insights into the pathogenesis and treatment of SARS-CoV-2 (https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3001128) представила Виктория Васильева
Обзор статьи CJ Battey, Peter L Ralph, Andrew D KernPredicting geographic location from genetic variation with deep neural networks" () представил Игорь Богданов
29 ноября 2021 г.
Journal Club.Обзор статьи представил Андрей Дивавин
15 ноября 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Shemirani, R., Belbin, G.M., Avery, C.L. et al. "Rapid detection of identity-by-descent tracts for mega-scale datasets" ( https://www.nature.com/articles/s41467-021-22910-w) представил Михаил Шишкин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
08 ноября 2021 г.
Доклад Кенненбека Арзыматова, аспиранта ФКН НИУ ВШЭ Доклад Анны Ильиной, младшего научного сотрудника Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
01 ноября 2021 г.
Journal Club.Обзор статьи представил Евгений Хомутов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
25 октября 2021 г.
Доклад Ольги Клименковой, стажера-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ "Post-Admixture Selection on Chileans Targets Haplotype Involved in Pigmentation, Thermogenesis and Immune Defense Against Pathogens" (https://publications.hse.ru/articles/377857221)
18 октября 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Marc de Manuel, Ross Barnett, Marcela Sandoval-Veladco, Nobuyuki Yamaguci и других представила Галина Власенко
11 октября 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Sharon R Browing,Brian L. Browning,Martha L. Daviglus,Ramon A. Durazo-Arvizu,Neil Schneiderman,Robert C. Kaplan,Cathy C. Laurie "Ancestry-specific recent effective population size in the Americas" (https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1007385) представила Анастасия Дудковская, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
04 октября 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Erik Garrison, Jouni Sirén, Adam M Novak, Glenn Hickey, Jordan M Eizenga, Eric T Dawson, William Jones, Shilpa Garg, Charles Markello, Michael F Lin, Benedict Paten, Richard Durbin "Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference" (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30125266/) представил Никита Гаянов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
27 сентября 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Rasmus Nielsen, Joshua M.Akey, Mattias Jakobsson, Jonathan K. Pitchard, Sarah Tishkoff & Eske Willerslev "Tracing the peopling of the world through genomics" (https://www.nature.com/articles/nature21347) представил Вадим Спирин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
02 июля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Sivan Yair, Kristin M. Lee, Graham Coop "The timing of human adaptation from Neanderthal introgression" (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.10.04.325183v1) представил Алексей Шмелев, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
25 июня 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Harald Ringbauer, John Novembre, Matthias Steinruchen "Detecting runs of homozygosity from low-coverage ancient DNA " (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.31.126912v1.full) представил Артем Башарин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
03 июня 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Florian Clemente Martina Unterlander и других "The genomic history of the Aegean palatial civilizations" (https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00370-6) представила Анастасия Михайлова, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
14 мая 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи C. J. Battey, Peter L. Ralph and Andrew D. Kern "Space is the Place: Effects of Continuous Spatial Structure on Analysis of Population Genetic Data" (https://www.genetics.org/node/448015.full) представила Виктория Васильева
07 мая 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Aaron J. Stern,Peter R. Wilton,Rasmus Nielsen "An approximate full-likelihood method for inferring selection and allele frequency trajectories from DNA sequence data" (https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1008384) представил Михаил Шишкин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
23 апреля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Olivier Francois and Flora Jay "Factor analysis of ancient population genomic samples" (https://www.nature.com/articles/s41467-020-18335-6) представил Игорь Богданов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
16 апреля 2021 г.
Journal Club. Доклад Владимира Щура, заведующего Лаборатории геномики НИУ ВШЭ "MiSTI: method for correction of PSMC trajectories of admixed populations"
09 апреля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Chuan-Chao Wang, Sabine Reinhold, Wolfgang Haak "Ancient human genome-wide data from a 3000-year interval in the Caucasus corresponds with eco-geographic regions" (https://www.nature.com/articles/s41467-018-08220-8) представила Анна Ильина, младший научный сотрудник Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
02 апреля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи CJ Battey, Peter L Ralph, Andrew D Kern "Predicting geographic location from genetic variation with deep neural networks" (https://elifesciences.org/articles/54507) представила Лидия Десяткина
26 марта 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Desislava Petkova, John Novembre & Matthew Stephens "Visualizing spatial population structure with estimated effective migration surfaces" (https://www.nature.com/articles/ng.3464) представила Анастасия Дудковская, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
12 марта 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Jacob E. Lemieux, Katherine J. Siddle, Bennett M. Shaw и других "Phylogenetic analysis of SARS-CoV-2 in Boston highlights the impact of superspreading events" (https://science.sciencemag.org/content/371/6529/eabe3261/) представила Анастасия Шарова
05 марта 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Ashish Vaswani, Noam Shazeer, Niki Parmar, Jakob Uszkoreit, Llion Jones, Aidan N. Gomez, Lukasz Kaiser, Illia Polosukhin "Attention Is All You Need" (https://arxiv.org/abs/1706.03762) представил Кененбек Арзыматов, аспирант ФКН НИУ ВШЭ
26 февраля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи "Fast and Flexible Estimation of Effective Migration Surfaces" (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.08.07.242214v1) представила Галина Власенко, студентка 2 курса бакалавриата по специальности "Прикладная математика" НИУ ВШЭ
19 февраля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи "Machine Learning for Population Genetics: A New Paradigm" (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/206482v1) представил Евгений Хомутов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
12 февраля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Harald Ringbauer , John Novembre and Matthias Steinr ucken " Detecting runs of homozygosity from low-coverage ancient DNA" (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.31.126912v1.full.pdf) представил Никита Гаянов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
05 февраля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Hakon Jonsson, Erna Magnusdottir, Hannes P. Eggertsson et al "Differences between germline genomes of monozygotic twins" (https://www.nature.com/articles/s41588-020-00755-1) представила Полина Черепанова, студентка 2 курса бакалавриата по специальности "Прикладная математика" НИУ ВШЭ
29 января 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Aurélien Tellier and Christophe Lemaire "Coalescence 2.0: a multiple branching of recent theoretical developments and their applications" (https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/mec.12755) представила Анастасия Дудковская, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
22 января 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Corbett-Detig, Russell, and Rasmus Nielsen "A hidden Markov model approach for simultaneously estimating local ancestry and admixture time using next generation sequence data in samples of arbitrary ploidy." (https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1006529) представил Михаил Шишкин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
09 декабря 2020 г.
Онлайн-доклад Джонатана Терхорста ( Jonathan Terhorst), Assistant Professor, Department of Statistics University of Michigan, USA
"Exact decoding of the sequentially Markov coalescent"
18 ноября 2020 г.
Онлайн-доклад Вагиша Нарасимьяна ( Vagheesh Narasimhan), Assistant Professor, The University of Texas at Austin, USA
" Understanding natural selection using ancient DNA and GWAS data"
16 сентября 2020 г.
Онлайн доклад Лукаса Викуньи ( Lucas Vicuña), Universidad Adolfo Ibáñez, Facultad de Ingenieria y Ciencias and Instituto Milenio de Investigación sobre los Fundamentos de los Datos, Chile,
" Effects of Mapuche Native American genetic ancestry on natural selection and pubertal growth"
09 июня 2020 г.
Онлайн доклад Эмилии Хуерта-Санчес (Emilia Huerta-Sanchez, PhD, Brown University (Dept. of Ecology and Evolutionary Biology & Center for Computational Molecular Biology)),
" Inferring Denisovan introgression in East Asia"
26 мая 2020 г.
Онлайн доклад профессора, д.б.н. Егора Прохорчука, заведующего лабораторией геномики и эпигеномики позвоночных ФИЦ Биотехнологии РАН, декана МБФ РНИМУ им Н.И. Пирогова,
" Неслучайная фрагментация сцДНК, как инструмент для предсказания анеуплоидий плода"
19 мая 2020 г.
Онлайн доклад Peter Wilton, PhD, University of California, Berkeley (currently 23andMe, Inc., California, USA),
" Dynamics of mitochondrial DNA in 345 individuals from 96 human families"
05 мая 2020 г.
Онлайн доклад Dr. Stephan Schiffels, Group Leader for Population Genetics, Max Planck Institute for the Science of Human History, Department for Archaeogenetics, Jena, Germany),
" Structure runs deep: Inference of human separation dynamics from whole genome sequences"
28 апреля 2020 г.
Онлайн доклад профессора, д.б.н. Егора Прохорчука, заведующего лабораторией геномики и эпигеномики позвоночных ФИЦ Биотехнологии РАН, декана МБФ РНИМУ им Н.И. Пирогова,
" Избранные математические подходы анализа генотипов в популяционных исследованиях человека"
21 апреля 2020 г.
Онлайн доклад к.ф.-м.н. Степана Кузнецова, старшего научного сотрудника Математического института им. В.А. Стеклова РАН и Международной лаборатории интеллектуальных систем и структурного анализа ФКН НИУ ВШЭ
Автоматизированное построение и проверка математических доказательств (PDF, 232 Кб)
14 апреля 2020 г.
Онлайн доклад профессора, д.б.н. Егора Прохорчука, заведующего лабораторией геномики и эпигеномики позвоночных ФИЦ Биотехнологии РАН, декана МБФ РНИМУ им Н.И. Пирогова,
" Эпигенетика свободноциркулирующей в крови человека ДНК и чем она похожа на ДНК людей эпохи бронзового века"
09 апреля 2020 г.
Онлайн доклад к.ф.-м.н. Дмитрия Иванкова, доцента Сколковского института науки и технологий
Многомерный эпистаз как главное препятствие для предсказания фенотипа по генотипу (PDF, 2.96 Мб)
31 октября 2023 г.
Journal Club. Доклад к.б.н., доцента кафедры генетики биологического факультета МГУ А.А. Синюшина.
19 мая 2023 г.
Journal Club. Обзор статьи Zhu C, Ming MJ, Cole JM, Edge MD, Kirkpatrick M, Harpak A. "Amplification is the primary mode of gene-by-sex interaction in complex human trait" (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37228747/) представил Евгений Хомутов стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
21 апреля 2023 г.
Journal Club. Обзор статьи Sengupta, D., Choudhury, A., Fortes-Lima, C. et al. "Genetic substructure and complex demographic history of South African Bantu speakers" (https://www.nature.com/articles/s41467-021-22207-y) представила Ольга Пьяных студентка ДПМ МИЭМ НИУ ВШЭ
Обзор статьи Carina M Schlebusch et al. "Khoe-San Genomes Reveal Unique Variation and Confirm the Deepest Population Divergence in Homo sapiens" (https://academic.oup.com/mbe/article/37/10/2944/5874945) представил Артем Ляхов студент ДПМ МИЭМ НИУ ВШЭ
Обзор статьи Carina M Schlebusch et al. "Southern African ancient genomes estimate modern human divergence to 350,000 to 260,000 years ago" (https://www.science.org/doi/full/10.1126/science.aao6266) представила Анастасия Брагинец студентка ДПМ МИЭМ НИУ ВШЭ
07 апреля 2023 г.
Journal Club. Обзор статьи Schraiber JG "A path integral formulation of the Wright-Fisher process with genic selection" (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3932315/) представила Анастасия Дудковская стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
24 марта 2023 г.
Journal Club. Обзор статьи Samuel G. G. Johnston, Andreas E. Kyprianou, Tim Rogers "Multitype Λ-coalescents" (https://arxiv.org/abs/2103.14638) представил Никита Гаянов стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
17 марта 2023 г.
Journal Club. Обзор статьи Trinquier, J., Uguzzoni, G., Pagnani, A. et al. "Efficient generative modeling of protein sequences using simple autoregressive models" (https://www.nature.com/articles/s41467-021-25756-4) представил Максим Гусев стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
10 марта 2023 г.
Journal Club. Обзор статьи Alexander DH, Novembre J, Lange K. "Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals" (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2752134/) представил Михаил Шишкин стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
03 февраля 2022 г.
Семинар Лаборатории геномики.
Докладчик Варлашин Павел Дмитриевич программист-биоинформатик ЦНИИ Эпидемиологии
"Филогеографическом анализе подтипа IA Hepatovirus A в Евразии"
14 декабря 2022 г.
Совместный семинар "Вычислительных сред" и Лаборатории геномики.
Докладчик Алексей Неверов научный сотрудник Лаборатории геномики "Применение вероятностных моделей максимальной энтропии для поиска парных взаимодействий в биологических данных"
07 декабря 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи L. Luca Cavalli-Sforza "Genes, peoples, and languages" (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC33682/) представил Иван Геворков стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
23 ноября 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Aritra Bose, Daniel E Platt, Laxmi Parida, Petros Drineas, Peristera Paschou "Integrating Linguistics, Social Structure, and Geography to Model Genetic Diversity within India" (https://academic.oup.com/mbe/article/38/5/1809/6108106) представил Евгений Хомутов стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
09 ноября 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи "Bayesian inference of admixture graphs on Native American and Arctic populations" (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.06.506725v1.full.pdf) представила Анастасия Дудковская стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
02 ноября 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Megan K. Olivia S. Ali Akbari, Arbel Harpak, David Reich, Vagheesh M. Narasimhan "The origins and spread of domestic horses from the Western Eurasian steppes" (https://www.nature.com/articles/s41586-021-04018-9) представила Гаяне Власенко, НИУ ВШЭ
12 октября 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Megan K. Olivia S. Ali Akbari, Arbel Harpak, David Reich, Vagheesh M. Narasimhan "The genetic history of the Southern Arc: A bridge between West Asia and Europe" (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm4247) представил Михаил Шишкин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
28 сентября 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Megan K. Olivia S. Ali Akbari, Arbel Harpak, David Reich, Vagheesh M. Narasimhan "1,000 ancient genomes uncover 10,000 years of natural selection in Europe " (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.08.24.505188v1) представил Вадим Спирин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
21 сентября 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Mohamad Chhaytle, Régis Ouvrard, Thierry Poinot "Тew population dynamics model to evaluate the climate impacts on wildlife populations" (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2405896322010606) представил Никита Гаянов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
13 мая 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Witt Kelsey E., Villanea Fernando, Loughran Elle, Zhang Xinjun and Huerta-Sanchez Emilia "Apportioning archaic variants among modern populations" ( https://royalsocietypublishing.org/doi/full/10.1098/rstb.2020.0411) представил Лео Бенуа Планш, научный сотрудник Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
29 апреля 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Wang Z, Wang J, Kourakos M, et al. "Automatic inference of demographic parameters using generative adversarial networks " (https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1755-0998.13386) представил Игорь Богданов
22 марта 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Xuming Zhou, Qianhui Dou, Guangyi Fan, et al. "Beaver and Naked Mole Rat Genomes Reveal Common Paths to Longevity" (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112472030930X) представила Галина Власенко
25 февраля 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Zhang, F., Ning, C., Scott, A. et al. "The genomic origins of the Bronze Age Tarim Basin mummies"
( https://www.nature.com/articles/s41586-021-04052-7) представил Вадим Спирин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
18 февраля 2022 г.
Journal Club. Обсуждение прототипа платформы для разработки методов глубинного обучения из полногеномных последовательностей Евгений Хомутов и Кененбек Арзыматов.
Обзор статьи Monroe, J.G., Srikant, T., Carbonell-Bejerano, P. et al. "Mutation bias reflects natural selection in Arabidopsis thaliana"
( https://www.nature.com/articles/s41586-021-04269-6) представил Ахмед Арбулиев , студент 3 курса бакалавриата по специальности "Инфокоммуникационные технологии и системы связи"
04 февраля 2022 г.
Journal Club. Обзор статьи Ethan M. Jewett "Fast and accurate approximation of the joint site frequency spectrum of multiple populations"
представил Никита Гаянов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
06 декабря 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Mélodie Monod, Alexandra Blenkinsop, Xiaoyue Xi, Daniel Hebert, et al. "Age groups that sustain resurging COVID-19 epidemics in the United States" () представила Таисия Хахарова
Обзор статьи Rui Martiniano,Erik Garrison, Eppie R. Jones, Andrea Manica, Richard Durbin "Removing reference bias in ancient DNA data analysis by mapping to a sequence variation graph" (https://www.biorxiv.org/cont ) представил Артем Башарин
06 декабря 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Kim KS, Ejima K, Iwanami S, Fujita Y, Ohashi H, et al. "A quantitative model used to compare within-host SARS-CoV-2, MERS-CoV, and SARS-CoV dynamics provides insights into the pathogenesis and treatment of SARS-CoV-2 (https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3001128) представила Виктория Васильева
Обзор статьи CJ Battey, Peter L Ralph, Andrew D KernPredicting geographic location from genetic variation with deep neural networks" () представил Игорь Богданов
29 ноября 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи представил Андрей Дивавин
15 ноября 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Shemirani, R., Belbin, G.M., Avery, C.L. et al. "Rapid detection of identity-by-descent tracts for mega-scale datasets" ( https://www.nature.com/articles/s41467-021-22910-w) представил Михаил Шишкин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
08 ноября 2021 г.
Доклад Кенненбека Арзыматова, аспиранта ФКН НИУ ВШЭ Доклад Анны Ильиной, младшего научного сотрудника Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
01 ноября 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи представил Евгений Хомутов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
25 октября 2021 г.
Доклад Ольги Клименковой, стажера-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ "Post-Admixture Selection on Chileans Targets Haplotype Involved in Pigmentation, Thermogenesis and Immune Defense Against Pathogens" (https://publications.hse.ru/articles/377857221)
18 октября 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Marc de Manuel, Ross Barnett, Marcela Sandoval-Veladco, Nobuyuki Yamaguci и других представила Галина Власенко
11 октября 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Sharon R Browing,Brian L. Browning,Martha L. Daviglus,Ramon A. Durazo-Arvizu,Neil Schneiderman,Robert C. Kaplan,Cathy C. Laurie "Ancestry-specific recent effective population size in the Americas" (https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1007385) представила Анастасия Дудковская, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
04 октября 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Erik Garrison, Jouni Sirén, Adam M Novak, Glenn Hickey, Jordan M Eizenga, Eric T Dawson, William Jones, Shilpa Garg, Charles Markello, Michael F Lin, Benedict Paten, Richard Durbin "Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference" (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30125266/) представил Никита Гаянов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
27 сентября 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Rasmus Nielsen, Joshua M.Akey, Mattias Jakobsson, Jonathan K. Pitchard, Sarah Tishkoff & Eske Willerslev "Tracing the peopling of the world through genomics" (https://www.nature.com/articles/nature21347) представил Вадим Спирин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
02 июля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Sivan Yair, Kristin M. Lee, Graham Coop "The timing of human adaptation from Neanderthal introgression" (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.10.04.325183v1) представил Алексей Шмелев, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
25 июня 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Harald Ringbauer, John Novembre, Matthias Steinruchen "Detecting runs of homozygosity from low-coverage ancient DNA " (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.31.126912v1.full) представил Артем Башарин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
03 июня 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Florian Clemente Martina Unterlander и других "The genomic history of the Aegean palatial civilizations" (https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00370-6) представила Анастасия Михайлова, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
14 мая 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи C. J. Battey, Peter L. Ralph and Andrew D. Kern "Space is the Place: Effects of Continuous Spatial Structure on Analysis of Population Genetic Data" (https://www.genetics.org/node/448015.full) представила Виктория Васильева
07 мая 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Aaron J. Stern,Peter R. Wilton,Rasmus Nielsen "An approximate full-likelihood method for inferring selection and allele frequency trajectories from DNA sequence data" (https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1008384) представил Михаил Шишкин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
23 апреля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Olivier Francois and Flora Jay "Factor analysis of ancient population genomic samples" (https://www.nature.com/articles/s41467-020-18335-6) представил Игорь Богданов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
16 апреля 2021 г.
Journal Club. Доклад Владимира Щура, заведующего Лаборатории геномики НИУ ВШЭ "MiSTI: method for correction of PSMC trajectories of admixed populations"
09 апреля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Chuan-Chao Wang, Sabine Reinhold, Wolfgang Haak "Ancient human genome-wide data from a 3000-year interval in the Caucasus corresponds with eco-geographic regions" (https://www.nature.com/articles/s41467-018-08220-8) представила Анна Ильина, младший научный сотрудник Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
02 апреля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи CJ Battey, Peter L Ralph, Andrew D Kern "Predicting geographic location from genetic variation with deep neural networks" (https://elifesciences.org/articles/54507) представила Лидия Десяткина
26 марта 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Desislava Petkova, John Novembre & Matthew Stephens "Visualizing spatial population structure with estimated effective migration surfaces" (https://www.nature.com/articles/ng.3464) представила Анастасия Дудковская, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
12 марта 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Jacob E. Lemieux, Katherine J. Siddle, Bennett M. Shaw и других "Phylogenetic analysis of SARS-CoV-2 in Boston highlights the impact of superspreading events" (https://science.sciencemag.org/content/371/6529/eabe3261/) представила Анастасия Шарова
05 марта 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Ashish Vaswani, Noam Shazeer, Niki Parmar, Jakob Uszkoreit, Llion Jones, Aidan N. Gomez, Lukasz Kaiser, Illia Polosukhin "Attention Is All You Need" (https://arxiv.org/abs/1706.03762) представил Кененбек Арзыматов, аспирант ФКН НИУ ВШЭ
26 февраля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи "Fast and Flexible Estimation of Effective Migration Surfaces" (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.08.07.242214v1) представила Галина Власенко, студентка 2 курса бакалавриата по специальности "Прикладная математика" НИУ ВШЭ
19 февраля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи "Machine Learning for Population Genetics: A New Paradigm" (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/206482v1) представил Евгений Хомутов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
12 февраля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Harald Ringbauer , John Novembre and Matthias Steinr ucken " Detecting runs of homozygosity from low-coverage ancient DNA" (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.31.126912v1.full.pdf) представил Никита Гаянов, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
05 февраля 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Hakon Jonsson, Erna Magnusdottir, Hannes P. Eggertsson et al "Differences between germline genomes of monozygotic twins" (https://www.nature.com/articles/s41588-020-00755-1) представила Полина Черепанова, студентка 2 курса бакалавриата по специальности "Прикладная математика" НИУ ВШЭ
29 января 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Aurélien Tellier and Christophe Lemaire "Coalescence 2.0: a multiple branching of recent theoretical developments and their applications" (https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/mec.12755) представила Анастасия Дудковская, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
22 января 2021 г.
Journal Club. Обзор статьи Corbett-Detig, Russell, and Rasmus Nielsen "A hidden Markov model approach for simultaneously estimating local ancestry and admixture time using next generation sequence data in samples of arbitrary ploidy." (https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1006529) представил Михаил Шишкин, стажер-исследователь Лаборатории геномики НИУ ВШЭ
09 декабря 2020 г.
Онлайн-доклад Джонатана Терхорста ( Jonathan Terhorst), Assistant Professor, Department of Statistics University of Michigan, USA
"Exact decoding of the sequentially Markov coalescent"
18 ноября 2020 г.
Онлайн-доклад Вагиша Нарасимьяна ( Vagheesh Narasimhan), Assistant Professor, The University of Texas at Austin, USA
" Understanding natural selection using ancient DNA and GWAS data"
16 сентября 2020 г.
Онлайн доклад Лукаса Викуньи ( Lucas Vicuña), Universidad Adolfo Ibáñez, Facultad de Ingenieria y Ciencias and Instituto Milenio de Investigación sobre los Fundamentos de los Datos, Chile,
" Effects of Mapuche Native American genetic ancestry on natural selection and pubertal growth"
09 июня 2020 г.
Онлайн доклад Эмилии Хуерта-Санчес (Emilia Huerta-Sanchez, PhD, Brown University (Dept. of Ecology and Evolutionary Biology & Center for Computational Molecular Biology)),
" Inferring Denisovan introgression in East Asia"
26 мая 2020 г.
Онлайн доклад профессора, д.б.н. Егора Прохорчука, заведующего лабораторией геномики и эпигеномики позвоночных ФИЦ Биотехнологии РАН, декана МБФ РНИМУ им Н.И. Пирогова,
" Неслучайная фрагментация сцДНК, как инструмент для предсказания анеуплоидий плода"
19 мая 2020 г.
Онлайн доклад Peter Wilton, PhD, University of California, Berkeley (currently 23andMe, Inc., California, USA),
" Dynamics of mitochondrial DNA in 345 individuals from 96 human families"
05 мая 2020 г.
Онлайн доклад Dr. Stephan Schiffels, Group Leader for Population Genetics, Max Planck Institute for the Science of Human History, Department for Archaeogenetics, Jena, Germany),
" Structure runs deep: Inference of human separation dynamics from whole genome sequences"
28 апреля 2020 г.
Онлайн доклад профессора, д.б.н. Егора Прохорчука, заведующего лабораторией геномики и эпигеномики позвоночных ФИЦ Биотехнологии РАН, декана МБФ РНИМУ им Н.И. Пирогова,
" Избранные математические подходы анализа генотипов в популяционных исследованиях человека"
21 апреля 2020 г.
Онлайн доклад к.ф.-м.н. Степана Кузнецова, старшего научного сотрудника Математического института им. В.А. Стеклова РАН и Международной лаборатории интеллектуальных систем и структурного анализа ФКН НИУ ВШЭ
Автоматизированное построение и проверка математических доказательств (PDF, 232 Кб)
14 апреля 2020 г.
Онлайн доклад профессора, д.б.н. Егора Прохорчука, заведующего лабораторией геномики и эпигеномики позвоночных ФИЦ Биотехнологии РАН, декана МБФ РНИМУ им Н.И. Пирогова,
" Эпигенетика свободноциркулирующей в крови человека ДНК и чем она похожа на ДНК людей эпохи бронзового века"
09 апреля 2020 г.
Онлайн доклад к.ф.-м.н. Дмитрия Иванкова, доцента Сколковского института науки и технологий
Многомерный эпистаз как главное препятствие для предсказания фенотипа по генотипу (PDF, 2.96 Мб)
Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!
Сервис предназначен только для отправки сообщений об орфографических и пунктуационных ошибках.