Программное обеспечение

Программное обеспечение, разработанное сотрудниками лаборатории:

VGsim - масштабируемый программный стохастический симулятор вирусных генеалогий на основе компартментных моделей. Симулятор позволяет моделировать эволюцию вируса, ландшафт приспособленности (включая эпистатическое взаимодействие SNP), структуру популяции-носителя, различные типы иммунитета и т.п. ПО доступно для скачивания https://github.com/Genomics-HSE/VGsim, подробная документация https://vg-sim.readthedocs.io/

MiSTI - метод для корректировки эффективного размера популяции, оценки времени разделения популяций, оценке интенсивности миграции. https://github.com/vlshchur/MiSTI

ngsPSMC - метод оценки эффективного размера популяций для данных с низкой глубиной секвенирования на основе правдоподобий генотипов. https://github.com/ANGSD/ngsPSMC

DAIM - моделирование распределения длин полос генома при адаптивной интрогрессии. https://github.com/vlshchur/DAIM

ARGentum - метод для оценки топологии предкового графа рекомбинаций. https://github.com/nvalimak/argentum