Семинар МЛ геномики «Реконструкция эволюционной истории популяций нута с применением моделирования сложных событий смешений и композиционного анализа данных»
В среду 15.01.2024 в 14:40 пройдет Семинар Международной лаборатории статистической и вычислительной геномики.
Дорогие коллеги!
Приглашаем Ваc на доклад Иголкиной Анны Андреевны1, 2, которая расскажет о своей работе "Реконструкция эволюционной истории популяций нута с применением моделирования сложных событий смешений и композиционного анализа данных".
Аннотация
Согласно археологическим данным, нут (Cicer arietinum) был впервые одомашнен в Плодородном Полумесяце около 10 000 лет назад. Однако его дальнейшая диверсификация не до конца ясна, а происхождение двух типов — «дези» и «кабули» — остаётся предметом спора.
Для реконструкции популяционной истории нута были разработаны две модели: popdisp и migarmi, первая из которых является байесовской и оценивает репрезентативные частоты аллелей в популяциях с учетом особенностей географического ландшафта, а вторая моделирует события смешений (admixture events) вдоль хромосом. При разработке моделей была использована оригинальная аппроксимация модели Райта-Фишера с помощью теории композиционного анализа данных. Разработанные модели являются универсальными и могут использоваться как вместе, так и отдельно.
Для расшифровки эволюционной истории нута была использована генотипированная панель из 421 староместного сорта нута из коллекции Всероссийского института генетических ресурсов растений имени Н. И. Вавилова (ВИР). С помощью popdisp было продемонстрировано, что каждая популяция нута распространялась внутри своего региона по оптимальным географическим путям. Применение модели migadmi к популяциям типа «дези» позволило, в частности, выявить индийские следы в эфиопском нуте, что указывает на существование древнего морского пути из Южной Азии в Эфиопию. В отношении происхождения нута «кабули» было установлено, что его родиной является Турция, а не Центральная Азия, как это может казаться на основе лингвистических сходств с названием города Кабул.
1. Всероссийский научно-исследовательский институт сельcкохозяйственной микробиологии (ВНИИСХМ)
2. Институт молекулярной биологии растений имени Грегора Менделя (GMI)
Ссылка на видеовстречу: https://telemost.yandex.ru/j/53039387975230